ApacheでのドキュメントとCGIの格納場所

Mac OS X ではApache のドキュメントルートは、/Library/WebServer/Documentsとなっています。ブラウザでhttp://127.0.0.1/ を指定して表示される HTML ファイルは、このディレクトリの中に入っているようです。
http://127.0.0.1/ はサーバ自体（この場合自ホスト）のIPアドレスを表し、/（Apacheのドキュメントルート）は実態の位置/Library/WebServer/Documents（UNIXのディレクトリ）を見に行くように関連づけて設定されています。
CGI はブラウザからのプリフィックスはcgi-bin、実態は/Library/WebServer/CGI-Executables が設定されています。
ここにCGIを入れてパーミッション（実行権限）をつけると動作するようになります。
ブラウザからhttp://127.0.0.1/cgi-bin/[cgiファイル名] にアクセスすると実行されるはずです。

実験してCGIが上手く動かない場合、Apacheのエラーログを調査すると原因を特定することが出来ます。エラーログは/private/var/log/httpd/error_logです。
エラーログを見るには下記のようにtailを使います。
tail /private/var/log/httpd/error_log

CGIを別のフォルダに入れても動作させることが出来るようにApacheを設定することが出来ます。これはfutomiさんのHPに書いてありましたので参考にされてはいかがでしょうか。http://www.futomi.com/lecture/macosx/config.html
ただし多くのフォルダをCGI用に設定するのはセキュリティ上問題となりますので注意が必要です。